پی بردن به اساس و فلسفه وجودی دادگاه ویژه روحانیت، نیازمند توجه به نکات ذیل میباشد:
اولاً: در ساختار حقوقی همه کشورها وجود مراجع و محاکم قضائی خاص امری کاملاً طبیعی و مرسوم بوده و منظور از آن‏ها نهادهای قضایی است که صلاحیت آن‏ها به اعتبار ویژگی جرم یا موضوع دعوا یا ویژگی مجرمین یا طرفین دعوا مشخص میگردد: مثلاً: اهمیت رعایت و حفاظت مسائل امنیتی و نظامی واسرار کشور؛ اقتضای ایجاد دادگاه‏های نظامی یا دادگاه‏های اختصاصی برای محاکمه و رسیدگی به تخلفات سران یا مسئولین مهم کشور را دارد. و همچنین به دلیل اهمیت و جنبه‏ی تخصصی داشتن رسیدگی به جرائم مطبوعاتی یا اختلافات خانوادگی زوحین، ایجاد دادگاه و دادسرای مطبوعات و خانواده از ضرورت خاصی برخوردار میباشد.
ثانیاً: در حکومت اسلامی با دو دسته عناصر ثابت و متغیّر مواجه میباشیم؛ رعایت عدالت، نفی ظلم به حقوق مردم و... از اصول ثابت و لایتغیر حکومت اسلامی است که در هیچ زمانی و تحت هیچ شرایطی قابل تغییر نمیباشد؛ اما عناصر متغیّر بستگی به نیازها و مقتضیات زمان و مکان دارد. مثلاً امروزه ایجاد تشکیلات وسیع اداری، دستگاه‏های قانونگذاری، اجرایی، امنیتی و... مورد نیاز جامعه است که وجود آن‏ها تا زمانی که با اصول و ارزش‏های ثابت الهی تضاد نداشته باشد، امری مطلوب و پسندیده است. از منظر اسلام و حکومت امام علی(ع) در مسأله قضا اصل، رعایت عدالت، برخورد با متخلف و احقاق حق مظلوم است، ولی شیوه و راهکار این مسأله و این که ساختار دادگاه عام باشد یا خاص؛ تابع شرایط و مقتضیات است و اسلام در این زمینه حکم خاصی ندارد.
ثالثاً: دین اسلام، اصولاً بر پایه نفی هر گونه اختلاف طبقاتی و نژادی بنا نهاده شده است؛ یا ایهاالناس انّا خلقناکم من ذکر و انثی و جعلناکم شعوباً و قبائل لتعارفوا انّ اکرمکم عندالله اتقکم (حجرات، آیه‏ی 12).
بر این اساس حقوق و تکالیف اسلامی، بیهیچ تمایزی خطاب به عموم میباشد. به این ترتیب، میتوان گفت که امتیازات و انحصارات طبقاتی به اصل دین ارتباطی ندارد و اصولاً طبقه‏ی خاصی با ویژگیها وامتیازات خاص، نظیر آن‏چه در میان پیروان بسیاری ادیان است، در اسلام مطرح نمیباشد(سید محمدبهشتی، مقاله‏ی «روحانیت در اسلام و در میان مسلمین»، مندرج در مجله «بخثی درباره‏ی مرجعیت و روحانیت، شرکت سهامی انتشار، 1341، ص 142).
با وجود این، ضرورت‏های اجتماعی افراد را، با توجه به موقعیت‏ها و مناسبات مشترکی که با یکدیگر دارند، در گروه‏ها واصناف متمایز از یکدیگر قرار میدهد که در این صورت تمایز صنفی و گروهی را باید از امتیازات طبقاتی جدا دانست(محمد رضا حکیمی، هویت صفنی روحانیت، نشر فرهنگ اسلامی، 1360).
در کشور ایران، روحانیت نهاد خاصی است که در روابط اجتماعی و مبارزات سیاسی نوعاً و در اعمال عبادی خصوصاً، به آنان اقتدا میشود و رفتار آنان سرمشق دیگران قرار میگیرد. رابطه‏ی افراد مردم با علمای روحانی مبتنی بر اعتماد و ایمان میباشد. این اعتماد و ایمان صرفاً با مشاهده‏ی اعمال و رفتار نیک و بد و وقوف از زهد واقعی آنان قابل تضمین خواهد بود.
در نظام جمهوری اسلامی، علاوه بر محوریت اصل ولایت فقیه و اجتهاد مستمر فقهای جامع‏الشرایط، مناصب قانونی و قضائی بر عهده‏ی فقهای روحانی قرار دارد(اصول، 2، 2، 91، 157، 163 قانون اساسی).
همچنین روحانیون، به عنوان افراد مورد اعتماد رهبری و مردم در اندام قوای سه‏گانه و دستگاه‏های حاکم رسماً و موظفاً مشغول به کار میباشند. از طرف دیگر، خارج از مسئولیت‏های مناصب حکومتی و دولتی، و در مقام امامت جماعت و جمعه و وعظ و خطابه و در شوراها و انجمن‏های مختلف، اشتغالات گوناگون دارند.
بنابر این میتوان اذعان نمود که، حیثیّت و اعتبار نظام از یک طرف و توقعات اخلاقی و عقیدتی مردم از طرف دیگر، در احاطه‏ی عملکرد این قشر قرار دارد. فلذا، اعمال و رفتار نیک و بد آنان میتواند آثار سازنده و یا مخرّب بر تمامیت جامعه (نظام سیاسی، زمامداری و مردم) داشته باشد.
بر اساس این واقعیت‏ها است که افراد روحانی، در صنف مشخص خود، همواره نمایان و مدنظر عموم میباشند، به ترتیبی که اعمال و رفتار سوء هر یک از آنان، مردم را وادار به قضاوت مضاعف (نسبت به فرد روحانی و صنف روحانی) مینماید در مقابل این قضاوت عمومی و برای حفظ منزلت جامعه‏ی روحانی، سعی فراوان مبذول میگردد، تا حساب روحانیون خطاکار از جمع صنفی روحانیت جدا نشان داده شود. بدین خاطر است که معمولاً به این گونه افراد عنوان «روحانی نما» اطلاق میشود،تا با این جداسازی، ضمن حفظ شوؤن روحانیّت، دامان این قشر مورد احترام همواره از آلودگیها پاک بماند.
اموری از قبیل؛ موقعیت حساس و کلیدی روحانیت در نظام اسلامی، و دسترسی برخی از آنان به اطلاعات و اسرار مهم نظام، و به جهت جلوگیری از سوء استفاده تبلیغاتی دشمنان و... تشکیل دادگاهی اختصاصی نظیر دادسرای نظامی و دادگاه ویژه‏ی مطبوعات، را میطلبد؛ بر این اساس حضرت امام(ره) با تأکید بر اهمیّت و لزوم حفظ شئون روحانیت و حوزه‏های علمیّه، حکم تشکیل «دادگاه ویژه روحانیت» را صادر نمودند، تا طبق موازین شرع مقدس به جرائم روحانی نمایان رسیدگی شود. «به منظور پیشگیری از نفوذ افراد منحرف و تبهکار در حوزه‏های علمیّه، حفظ حیثیت روحانیت و به کیفر رسانیدن روحانیون متخلّف، دادسراها و دادگاه ویژه روحانیت تحت نظارت مقام معظم رهبری... ایجاد میگردد»(آیین نامه دادگاه ویژه روحانیت، روزنامه رسمی، شماره 1328، 15/7/1369).
نتیجه آن‏که: 1. تشکیل دادگاه ویژه روحانیت به هیچ وجه امتیازی برای روحانیت نبوده، بلکه بر عکس برای کنترل و نظارت دقیق‏تر بر اعمال و رفتار آنان میباشد و این خود به دلیل حساسیت موقعیت و جایگاه روحانیت در نظام مقدس جمهوری اسلامی است. چنان‏که نظیر این امر را میتوان در تشکیل سایر دادگاه‏های اختصاصی مانند دادسرای نظامی، دادگاه ویژه مطبوعات و... مشاهده نمود.
2. دادگاه ویژه بسیاری از موارد رسیدگی به شکایات و دعاوی را که تشخیص میدهد از حساسیّت و اهمیّت چندانی برخوردار نمیباشد را به سایر دادگاه‏های عمومی ارجاع میدهد.
3. مسلماً تمسک به سیره و منش امام علی(ع) در ابعاد مختلف زندگی، از جمله مسائل حکومتی یکی از اصول اساسی نظام مقدس جمهوری اسلامی بوده و مسئولین عالیرتبه نظام بر الگو قرار دادن و اقتدا به سیره‏ی حکومتی آن حضرت تأکید داشته و دارند. اما باید علاوه بر این موضوع مهم، مقتضیات زمان و مکان را نیز در نظر گرفت. چرا که امروزه به دلیل گستردگی و پیچیدگی مسائل، اداره‏ی جامعه نیازمند تشکیلات و سازمان‏های متعددی است که باید به تناسب و اقتضای موضوعات مختلف، وجود داشته باشد. در زمان امام علی(ع) با یک قاضی یا یک دارالحکومة و تشکیلات دیوانی ساده میشد جامعه را اداره نمود، ولی امروزه تنها برای رسیدگی به تخلفات نیازمند دادگاه‏ها و دادسراهای متعدد، نظامی، مطبوعات، خانواده، روحانیت و... میباشیم. بنابر این موضوع هیچ ربطی به تبعیض بین مردم عادی و حاکم اسلامی ندارد، بلکه باید با دیدی کلان به موضوعات نگریست و همه‏ی جوانب را در نظر گرفت.
4. تشکیل دادگاه ویژه روحانیت هیچ مغایرتی با سیره امام علی(ع) ندارد زیرا آنچه در سیره آنحضرت است حضور در دادگاه و تساوی در برابر حکم و قانون است و این مسأله در مورد روحانیت نیز جاری است, اما اینکه در چه دادگاهی حاضر شود نافی اصل حضور در دادگاه و تبعیت از قانون نیست.