الف) سرفصل های برنامه های مدیریت علمی

• 1- ارائه طرح جامع نظام مند پاسخگوئی ( شامل آیین نامه های موضوع شناسی - مسأله شناسی - پاسخ یابی و پاسخ دهی )
• 2- موضوع شناسی در حوزه های تاریخ و سیره ، اندیشه سیاسی اسلام ، اعتقادات ، اخلاق و عرفان و مشاوره ، فقه و حقوق ، قرآن کریم و حدیث ، نظام های اجتماعی اسلام و ...
• 3- مسأله شناسی در حوزه های فوق الذکر به همراه تحلیل فراوانی جهت مشخص کردن اولویت های کاری
• 4- کارشناسی و معرفی موضوعات مرتبط با مسائل مستحدثه و شبهات دینی به مراکز عالی آموزشی حوزه و دانشگاه برای جهت دهی به پایان نامه ها و پژوهش ها در زمینه پاسخ گوئی .
• 5- تهیه مجموعه های جامع و متقن پرسش و پاسخ در حوزه های مختلف دینی
• 6- بررسی زمینه های روانشناسانه و جامعه شناسانه شبهات .
• 7- حمایت از پاسخگوئی در حوزه های چت ، وبلاگ ، تالارهای گفتگو
• 8- معرفی و ارائه شیوه های جدید و علمی نظام پاسخگوئی به مراکز و افراد پاسخگو .
• 9- آسیب شناسی تبلیغ دینی با توجه به زمینه های پیدایش شبهه .
• 10- حمایت از فعالیتها و مطالعات مرتبط با نقاط ضعف و تناقضات و نقد مکاتب و کانونهای معاند .
• 11- شناسائی جریانات شبهه ساز .

ب) سرفصل برنامه های مدیریت پشتیبانی و هماهنگی

• 1- شناسائی ظرفیتهای نظام پاسخگوئی از طریق مطالعه ، فراخوان ، برگزاری نمایشگاه .
• 2- معرفی مراکز پاسخگو از طریق رسانه های عمومی و کتابچه معرفی
• 3- طبقه بندی مراکز جهت تخصیص کمک ها و پروژه های حمایتی ستاد .
• 4- بررسی و ایجاد راه های تعامل اطلاعاتی بین مراکز .
• 5- حمایت از برگزاری دوره های آموزش رایانه و نویسندگی و مخاطب شناسی برای محققین پاسخگو
• 6- حمایت از نشستهای پرسش و پاسخ .
• 7- بهره مند ساختن مراکز پاسخگوئی از نتایج نیازسنجی و مساله شناسی
• 8- شناسائی نیروهای متخصص نظام پاسخگوئی و معرفی آن ها به مراکز
• 9- برگزاری جلسات هم اندیشی مسئولین مراکز پاسخگوئی و نیاز سنجی
• 10- برگزاری جلسات هم اندیشی محققین فعال در زمینه پاسخگوئی و نیاز سنجی
• 11- بررسی و ایجاد راههای ارتباط مستمر بین ظرفیتهای پاسخگوئی و تولید کنندگان آثار فرهنگی
• 12- ایجاد ارتباط بین مراکز پاسخگو و مراکز آموزشی حوزوی با هدف بهره گیری از منابع انسانی در راستای نظام پاسخگوئی .

ج) سرفصل برنامه های مدیریت اطلاع رسانی

• 1- انتشار خبرنامه ستاد
• 2- تأسیس سایت ستاد
• 3- تهیه سیستم جامع نرم افزاری نظام پاسخگوئی
• 4- تهیه آرشیو پرسش و پاسخ شامل اطلاعات مکتوب و غیر مکتوب .
• 5- گردآوری اطلاعات پرسش و پاسخ از سایت های اینترنتی
• 6- گردآوری اطلاعات پرسش و پاسخ از شبکه های ماهواره ای و تلویزیونی
• 7- راه اندازی شبکه اینترانت به منظور تسریع در تبادل اطلاعاتی ظرفیتهای پاسخگوئی
• 8- راه اندازی سیستم تلفن گویای پرسش و پاسخ
• 9- اطلاع رسانی به موقع و کارآمد به مراکز تصمیم گیری فرهنگی در جهت اهداف ستاد .