الف) سرفصل های برنامه های اداره برنامه‌ریزی و هماهنگی مدیریت علمی

• 1- ارائه طرح جامع و نظام مند پاسخگوئی ( شامل آیین نامه های موضوع شناسی - مسأله شناسی - پاسخ یابی و پاسخ دهی )
• 2- موضوع شناسی در حوزه های تاریخ و سیره ، اندیشه سیاسی اسلام ، اعتقادات ، اخلاق و عرفان و مشاوره ، فقه و حقوق ، قرآن کریم و حدیث ، نظام های اجتماعی اسلام و ...
• 3- مسأله شناسی در حوزه های فوق الذکر به همراه تحلیل فراوانی جهت مشخص کردن اولویت های کاری
• 4- کارشناسی و معرفی موضوعات مرتبط با مسائل مستحدثه و شبهات دینی به مراکز عالی آموزشی حوزه و دانشگاه برای جهت دهی به پایان نامه ها و پژوهش ها در زمینه پاسخ گوئی .
• 5- تهیه مجموعه های جامع و متقن پرسش و پاسخ در حوزه های مختلف دینی
• 6- بررسی زمینه های روانشناسانه و جامعه شناسانه شبهات .
• 7- حمایت از پاسخگوئی دین در حوزه های مجازی از جمله: چت ، وبلاگ ، تالارهای گفتگو و ....
• 8- شناسایی ، معرفی و ارائه شیوه های جدید و علمی نظام پاسخگوئی به مراکز و افراد پاسخگو .
• 9- آسیب شناسی تبلیغ دینی با توجه به زمینه های پیدایش شبهه و تلاش در جهت تربیت مبلغ پاسخگو توسط مراکز مربوطه .
• 10- آسیب شناسی پژوهش دینی با توجه به زمینه‌های پیدایش شبهه و تلاش در جهت تربیت پژوهشگر پاسخگو توسط مراکز مربوطه.
• 11- حمایت از فعالیتها و مطالعات مرتبط با نقاط ضعف و تناقضات و نقد مکاتب و کانونهای معاند .
• 12- شناسائی جریانات شبهه ساز .
• 13- انتشار نشریه و فصلنامه آیینه اندیشه

ب) سرفصل برنامه های اداره هماهنگی و ارتباطات

• 1- شناسائی ظرفیتهای نظام پاسخگوئی از طریق مطالعه و بررسی ، فراخوان ، برگزاری همایش و نمایشگاه .
• 2- معرفی مراکز پاسخگو از طریق نشریه خبری اختصاصی، رسانه های عمومی ،‌اینترنت،‌ نرم افزار، کتاب، کتابچه و بروشور و ... و تلاش در جهت ایجاد بانک مراکز پاسخگویی.
• 3- طبقه بندی مراکز جهت تخصیص کمک ها و پروژه های حمایتی ستاد .
• 4- بررسی و ایجاد راه های تعامل اطلاعاتی بین مراکز .
• 5- حمایت از برگزاری دوره های آموزش رایانه، نویسندگی ، مخاطب شناسی پاسخگویی و .... برای محققین و مبلغین پاسخگو
• 6- حمایت از نشستهای پرسش و پاسخ و تلاش در جهت پاسخگویی چهره به چهره.
• 7- بهره مند ساختن مراکز پاسخگوئی از نتایج نیازسنجی،شبهه شناسی، مساله شناسی و ... و تلاش در جهت ایجاد بانک پرسش، شبهه شناسی و مسأله شناسی و .....
• 8- شناسائی نیروهای متخصص و کارشناس در امر پاسخگوئی و معرفی آن ها به مراکز و تلاش در جهت ایجاد بانک اطلاعات پاسخگویان.
• 9- برگزاری جلسات هم اندیشی مسئولین مراکز پاسخگوئی و نیاز سنجی
• 10- برگزاری جلسات هم اندیشی محققین فعال در زمینه پاسخگوئی و نیاز سنجی
• 11- بررسی و ایجاد راههای ارتباط مستمر بین ظرفیتهای پاسخگوئی و تولید کنندگان آثار فرهنگی
• 12- ایجاد ارتباط بین مراکز پاسخگو و مراکز آموزشی حوزوی با هدف بهره گیری از منابع انسانی در راستای نظام پاسخگوئی .

ج) سرفصل برنامه های مدیریت اطلاع رسانی و فناوری اطلاعات

• 1- ارتقاء سایت ستاد و درگاه پرس و جو
• 2- تکمیل و ارتقاء سیستم جامع نرم افزاری نظام پاسخگوئی
• 3- تهیه و تکمیل آرشیو و بانک پرسش و پاسخ شامل اطلاعات مکتوب و غیر مکتوب .
• 4- گردآوری اطلاعات مورد نیاز عرصه پرسش و پاسخ و شبهات از سایت های اینترنتی
• 5- گردآوری اطلاعات مورد نیاز عرصه پرسش و پاسخ و شبهات از شبکه های ماهواره ای و تلویزیونی
• 6- تلاش در جهت راه اندازی شبکه اینترانت به منظور تسریع در تبادل اطلاعاتی ظرفیتهای پاسخگوئی .
• 7- تلاش در جهت راه اندازی سیستم تلفن گویای پرسش و پاسخ
• 8- تلاش در جهت اطلاع رسانی به موقع و کارآمد به مراکز تصمیم گیری فرهنگی در جهت اهداف ستاد .