در مورد آیاتی که نسخ شده بین صاحب نظران اختلاف نظر وجود دارد. قرآن شناسان شیعی و سنی معاصر تعداد آیات منسوخ را بسیار اندک می دانند. دکتر صبحی صالح ده آیه، آیت الله معرفت هشت آیه، علامه شعرانی و علامه طباطبایی پنج آیه و آیت الله خویی فقط یک آیه را در کل قرآن منسوخ می دانند.[4]
پنج مورد از آیات منسوخ که مورد نظر علامة طباطبایی است عبارتند از:
1ـ آیة عفو و بخشش سورة بقره آیة 109 که با آیة‌ قتال سورة توبه آیة 29 نسخ شده است.
2ـ حرمت زناشویی در شب های ماه رمضان با آیة 187سورة بقره نسخ شده است.
3ـ آیة جزای فاحشه (آیة 15 سورة نساء) توسط آیة 2 سورة نور نسخ شد.
4ـ آیة توارث از طریق ایمان در سورة انفال آیة 72 توسط آیة 6 سورة احزاب نسخ شد.
5ـ آیة نجوا که در سورة‌ مجادله آیة 12 می‌باشد توسط آیة بعدی همین سوره نسخ شد. این آیه را همه قرآن شناسان شیعی و بسیاری از دانشمندان سنی جزء آیات منسوخ می دانند و حتی آیت الله خویی تنها مصداق نسخ در قرآن را همین آیه دانسته است که در آیه منسوخ مسلمانان برای هر بار صحبت با پیامبر موظف شدند یک درهم صدقه بدهند. اما با نزول این آیه صحابه نجوا با پیامبر را ترک نمودند و هیچ کس جز امیرالمؤمنین(ع) با پیامبر سخن نگفت، آیة بعدی حکم آیة سابق را نسخ کرد.
باید توجه داشت که نسخ دو معنا دارد. 1ـ حقیقی 2ـ مجازی. نسخ حقیقی یعنی پدید آمدن رأی جدید لازمة این معنا، ضعف و جهل قانون گذار در مورد قانون است که این وجه با علم الهی منافات دارد، ولی نسخ مجازی به این معناست که حکم اول از همان آغاز مقید به زمان خاصی بوده است که خدا به آن آگاه است هر چند مردم به آن جاهل بوده و همیشگی بودن آن را تصور می کردند. نسخ به این معنا هیچ اشکالی و محذوری ندارد و نه با علم خدا منافات دارد و نه با مصلحت و حکمت وی؛ زیرا مدت حکم از اول موقت و محدود بوده و سپری شدن دوران آن، به عنوان نسخ بعداً‌ اعلان می‌شود.[5]
جواب دیگری که می توان داد این است که حکمی که از طرف خداوند تشریع می‌شود گاهی هدف از تشریع آن اجرا شدن آن حکم نیست، بلکه منظور دیگری در کار است مانند آزمایش و امتحان افراد و یا اتمام حجت و امثال آن و چنین نسخی مستلزم خلاف حکمت و یا عدم اطلاع نیست.[6] مثلاً در مورد آیة‌ نجوا خداوند با حکم اول می خواست مردم را بیازماید و فضیلت امیرالمؤمنین(ع) را آشکار سازد.
توجیه سوم برای نسخ آن است که نیازهای انسان گاه با تغییر زمان و شرایط محیط دگرگون می‌شود و گاه ثابت و برقرار است. یک روز دارویی برای بیمار مفید است، ولی روز دیگر به خاطر بهبودی نسبی بیمار ممکن است این دارو حتی زیان بار باشد، لذا دستور قطع آن را می‌دهد. ممکن است حکمی امروز دارای آثار و فوایدی باشد، ولی فردا این آثار را از دست بدهد در این صورت باید این حکم نسخ گردد. البته اصول احکام الهی که پایه های اساسی را تشکیل می‌دهد در همه جا یکسان است تغییر در مسائل کوچک تر و دست دوم است.[7]
[4]حسین جوان آراسته، درسنامة علوم قرآنی، ص 288.
[5]آیت الله خویی، بیان، ترجمه محمد صادق نجمی و هاشم زاده هریسی، ج 2، ص475.
[6]همان.
[7]تفسیر نمونه، ج 1، ص 391 - 392.